Нередко водяные ночницы обитают в одном убежище с другими видами летучих мышей. Кормятся над водоемами, реже среди деревьев. Летает медленно и спокойно. Зиму проводит в спячке около 8 месяцев. Чаще всего зимующих животных находят в пещерах. Живут небольшими колониями. Питаются насекомыми обычно у самой поверхности воды.